@moonbowterfly/dsh-bio-gem

基因组尺度代谢模型（GEM）构建插件：全基因组(蛋白FASTA)→自动构建+验证+补洞+报告(SBML+模型卡)；dsh-bio-genie 生态域插件 | Genome-scale metabolic model builder for dsh (DeepSeek Harness)

Plugin数据文件存储

验证

L5 · 运行已测

通过

风险

低风险

健康

活跃

信任

金

安装验证：运行验证通过 (L5) · 验证于 dsh 0.2.1-rc.2 · 验证日期 10-19安装验证详情 →

功能介绍AI

从全基因组蛋白FASTA自动构建并验证基因组尺度代谢模型，含补洞与SBML、模型卡报告。

将全基因组蛋白FASTA自动转换为草稿代谢模型
执行模型验证与补洞，修复网络缺口
导出SBML模型文件及可读的模型卡报告

dataAIfileAIstorageAI

能力标签为 AI 推断或 README 规则抽取（见角标），词表受限、未经安装验证；AI = 推断，README = 原文关键词。

安装

dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-gem

已验证 0.1.18

安装方式: npm · 运行验证通过 (L5)

验证与兼容性

按插件版本分组：每张卡是该插件版本实测过的 dsh 版本与安装兼容结论（L5 优先）。只列真测过的组合——未列出 = 未实测，不推定兼容。L1–L3 为插件级静态档（与 dsh 版本无关，各 dsh 行同值）：在行内「验证等级」格里与 L4/L5 并列显示、标注「静态」，证据体为插件级单份、随行内「查看检查项与证据」出现，不在各版本重复存储。

External credentials（插件级）：未检测到

原插件兼容声明来自 package.json · peerDependencies

作者未声明 dsh 版本要求

○ 作者未声明 dsh 版本要求 —— 安装不会因版本被拒。

安装兼容矩阵（速览 · 行 = 插件版本〔最近 5〕，列 = dsh 版本〔最近 5〕）

结论一览 → 证据在下方分版本卡片

插件版本＼ dsh	dsh 0.2.1-rc.2 当前	dsh 0.2.1-alpha.4	dsh 0.2.1-alpha.2
0.1.18	✓	✓	✓
v0.1.18	·	·	·

安装兼容实测（按插件版本，组内按 dsh 版本）

图例：✓ L5 运行验证通过○ 生态插件◼ 生态应用✗ 失败

0.1.18npm✓ 运行验证通过 32026-10-19

@dsh-bio/dsh-bio-gem

✓dsh 0.2.1-rc.2当前2026-10-19L5 · 运行验证通过

实测环境与工件

• Node.js: v24.14.0
• DSH: 0.2.1-rc.2
• 被测插件工件: npm · @dsh-bio/dsh-bio-gem@0.1.18

验证等级（L1–L3 为插件级静态档 · L4/L5 为该组合最新真测）

L1 静态

通过

L2 静态

通过

L3 静态

通过

L4 沙盒

通过

L5 运行

通过

在 dsh 沙盒中完成安装与运行冒烟——装得上、跑得起来

L5 · 运行验证通过 · dsh 0.2.1-rc.2 有效

ID: dsh-bio-gem@0.1.18@dsh0.2.1-rc.2 · 档位: l4-sandbox

签发：2026-10-19 · 有效至：2026-10-26

查看检查项与证据

L1 · 已找到✓ 通过

由 L3 推定L1.0_DEFAULTED_FROM_L3✓ 通过

默认通过——L3 安装规范已通过（全库 L3 扫描策略）

L2 · 结构化✓ 通过

由 L3 推定L2.0_DEFAULTED_FROM_L3✓ 通过

默认通过——L3 安装规范已通过（全库 L3 扫描策略）

L3 · 安装规范✓ 通过

安装命令已解析L3.1_INSTALL_COMMAND_PARSED✓ 通过

来源：插件市场校验 · 方式：安装规范解析 · 采集于 2026-10-18

DSH 版本已声明L3.2_DSH_VERSION_DECLARED✓ 通过

来源：插件市场校验 · 方式：DSH 版本声明 · 采集于 2026-10-18

L4 · 安装已测✓ 通过

受限沙盒内执行安装L4.1_INSTALL_EXECUTED_CONFINED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-19

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：2.6s

沙盒安装成功L4.2_INSTALL_SUCCESS✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-19

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：2.6s

安装产物已确认L4.3_ARTIFACT_CONFIRMED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-19

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：2.6s

L5 · 运行已测✓ 通过

已在加载器目录树中激活（150 个条目）

沙盒安装通过L5.1_INSTALL_PASSED_SANDBOXED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-19

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 安装方式复用 L4 沙盒

检查耗时：132ms

Web 启动就绪L5.2_WEB_BOOT_READY✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：Web 启动 · 采集于 2026-10-19

就绪行 dsh web: http://127.0.0.1:58472/?token=…

HTTP 服务响应L5.3_HTTP_SERVED✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：HTTP 请求 · 采集于 2026-10-19

探测路径 / · HTTP 200 · 耗时 132ms

插件清单中已激活L5.4_PLUGIN_INVENTORY_ACTIVE✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：插件清单查询 · 采集于 2026-10-19

清单判定 active · 清单条目 150

命中：include:dsh-bio-gem · @dsh-bio/dsh-bio-gem · 相位 active

相位计数：active 122 · null 28

L1–L3 为插件级静态结论（基础门槛，全 dsh 版本相同）：证据为插件级单份，不在各版本重复存储。

✓dsh 0.2.1-alpha.42026-10-17L5 · 运行验证通过

实测环境与工件

• Node.js: v24.14.0
• DSH: 0.2.1-alpha.4
• 被测插件工件: npm · @dsh-bio/dsh-bio-gem@0.1.18

验证等级（L1–L3 为插件级静态档 · L4/L5 为该组合最新真测）

L1 静态

通过

L2 静态

通过

L3 静态

通过

L4 沙盒

通过

L5 运行

通过

在 dsh 沙盒中完成安装与运行冒烟——装得上、跑得起来

L5 · 运行验证通过 · dsh 0.2.1-alpha.4 有效

ID: dsh-bio-gem@0.1.18@dsh0.2.1-alpha.4 · 档位: l4-sandbox

签发：2026-10-17 · 有效至：2026-10-24

查看检查项与证据

L1 · 已找到✓ 通过

由 L3 推定L1.0_DEFAULTED_FROM_L3✓ 通过

默认通过——L3 安装规范已通过（全库 L3 扫描策略）

L2 · 结构化✓ 通过

由 L3 推定L2.0_DEFAULTED_FROM_L3✓ 通过

默认通过——L3 安装规范已通过（全库 L3 扫描策略）

L3 · 安装规范✓ 通过

安装命令已解析L3.1_INSTALL_COMMAND_PARSED✓ 通过

来源：插件市场校验 · 方式：安装规范解析 · 采集于 2026-10-18

DSH 版本已声明L3.2_DSH_VERSION_DECLARED✓ 通过

来源：插件市场校验 · 方式：DSH 版本声明 · 采集于 2026-10-18

L4 · 安装已测✓ 通过

受限沙盒内执行安装L4.1_INSTALL_EXECUTED_CONFINED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-17

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：4.8s

沙盒安装成功L4.2_INSTALL_SUCCESS✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-17

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：4.8s

安装产物已确认L4.3_ARTIFACT_CONFIRMED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-17

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：4.8s

L5 · 运行已测✓ 通过

已在加载器目录树中激活（150 个条目）

沙盒安装通过L5.1_INSTALL_PASSED_SANDBOXED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-17

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 安装方式复用 L4 沙盒

检查耗时：4.5s

Web 启动就绪L5.2_WEB_BOOT_READY✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：Web 启动 · 采集于 2026-10-17

就绪行 dsh web: http://127.0.0.1:50101/?token=…

HTTP 服务响应L5.3_HTTP_SERVED✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：HTTP 请求 · 采集于 2026-10-17

探测路径 / · HTTP 200 · 耗时 4.5s

插件清单中已激活L5.4_PLUGIN_INVENTORY_ACTIVE✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：插件清单查询 · 采集于 2026-10-17

清单判定 active · 清单条目 150

命中：include:dsh-bio-gem · @dsh-bio/dsh-bio-gem · 相位 active

相位计数：active 122 · null 28

L1–L3 为插件级静态结论（基础门槛，全 dsh 版本相同）：证据为插件级单份，不在各版本重复存储。

✓dsh 0.2.1-alpha.22026-10-15L5 · 运行验证通过

实测环境与工件

• Node.js: v24.14.0
• DSH: 0.2.1-alpha.2
• 被测插件工件: npm · @dsh-bio/dsh-bio-gem@0.1.18

验证等级（L1–L3 为插件级静态档 · L4/L5 为该组合最新真测）

L1 静态

通过

L2 静态

通过

L3 静态

通过

L4 沙盒

通过

L5 运行

通过

在 dsh 沙盒中完成安装与运行冒烟——装得上、跑得起来

L5 · 运行验证通过 · dsh 0.2.1-alpha.2 有效

ID: dsh-bio-gem@0.1.18@dsh0.2.1-alpha.2 · 档位: l3-fullscan

签发：2026-10-15 · 有效至：2026-10-22

查看检查项与证据

L1 · 已找到✓ 通过

由 L3 推定L1.0_DEFAULTED_FROM_L3✓ 通过

默认通过——L3 安装规范已通过（全库 L3 扫描策略）

L2 · 结构化✓ 通过

由 L3 推定L2.0_DEFAULTED_FROM_L3✓ 通过

默认通过——L3 安装规范已通过（全库 L3 扫描策略）

L3 · 安装规范✓ 通过

安装命令已解析L3.1_INSTALL_COMMAND_PARSED✓ 通过

来源：插件市场校验 · 方式：安装规范解析 · 采集于 2026-10-18

DSH 版本已声明L3.2_DSH_VERSION_DECLARED✓ 通过

来源：插件市场校验 · 方式：DSH 版本声明 · 采集于 2026-10-18

L4 · 安装已测✓ 通过

受限沙盒内执行安装L4.1_INSTALL_EXECUTED_CONFINED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-14

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：2.7s

沙盒安装成功L4.2_INSTALL_SUCCESS✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-14

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：2.7s

安装产物已确认L4.3_ARTIFACT_CONFIRMED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-14

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 通道 npm 包 · 结果 ran · 退出码 0

检查耗时：2.7s

L5 · 运行已测✓ 通过

已在加载器目录树中激活（150 个条目）

沙盒安装通过L5.1_INSTALL_PASSED_SANDBOXED✓ 通过

来源：Windows ACL 沙盒 · 方式：沙盒安装执行 · 采集于 2026-10-14

安装源 @dsh-bio/dsh-bio-gem · 安装方式复用 L4 沙盒

检查耗时：4.2s

Web 启动就绪L5.2_WEB_BOOT_READY✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：Web 启动 · 采集于 2026-10-14

就绪行 dsh web: http://127.0.0.1:63706/?token=…

HTTP 服务响应L5.3_HTTP_SERVED✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：HTTP 请求 · 采集于 2026-10-14

探测路径 / · HTTP 200 · 耗时 4.2s

插件清单中已激活L5.4_PLUGIN_INVENTORY_ACTIVE✓ 通过

来源：DSH 运行时 · 方式：插件清单查询 · 采集于 2026-10-14

清单判定 active · 清单条目 150

命中：include:dsh-bio-gem · @dsh-bio/dsh-bio-gem · 相位 active

相位计数：active 122 · null 28

L1–L3 为插件级静态结论（基础门槛，全 dsh 版本相同）：证据为插件级单份，不在各版本重复存储。

v0.1.18github2026-10-14

https://github.com/moonbowterfly/dsh-bio-gem

该版本无运行时安装实测（仅静态扫描）——兼容性未知，不推定。

作者徽章

将官方徽章嵌入你的 README，展示插件的安全与安装检测状态：

安全报告

两层自动化检查，都不是人工审核：静态扫描（逐插件规则判定）与模型驱动的动态安全审计（只覆盖静态判定 warn 及以上的插件子集，不执行插件代码）。

dsh-bio-gem自动审查 · 每日更新

静态扫描低，动态审计最高中，按「取更严者」→ 总评级中。

静态低→动态中→总评级中

0 严重·0 高

中总评级 · 中

1静态扫描 · vet 主判vet AST 静态分析（npm 发布物或 git 源码）

版本绑定

插件版本v0.1.18dsh 清单

扫描版本0.1.18npm2026-10-21

当前版本0.1.18版本一致

vet 判定clean · npm

vet 为 AST 静态扫描（npm 发布物或 git 源码）。

静态发现（6 条）

警告childProcess · code-execsrc/jobs.js:36
const cp = spawn(py, args, { cwd: PYTHON_DIR, windowsHide: true })
警告fsWrite · filessrc/jobs.js:37
const so = fs.createWriteStream(stdoutFile, { flags: 'a' })
警告fsWrite · filessrc/jobs.js:38
const se = fs.createWriteStream(stderrFile, { flags: 'a' })
警告fsWrite · filessrc/jobs.js:63
fs.writeFileSync(path.join(jobDir, 'result.json'),
警告childProcess · code-execsrc/python.js:62
const r = spawnSync(exe, ['-I', '-c', 'import cobra'], {
警告childProcess · code-execsrc/python.js:128
const cp = spawn(py, ['-I', script], { cwd: opts.cwd || PYTHON_DIR, windowsHide: true })

2动态审计模型读脱敏源码上下文 · 不执行插件代码

最高等级中

并入后总评级中

审计时间2026-10-19

发现计数0 严重·0 高另有 1 条中 / 0 条低未展开

展开 1 条审计发现

medium未校验的 jobId 拼接文件路径，可枚举任意目录并探测特定文件名src/jobs.js:107
readProgress(jobId)/jobStatus(jobId) 直接使用调用方传入的 jobId 拼接到 ~/.dsh/dsh-bio-gem/jobs 之后，未做规范化或白名单校验（合法值只应是 startBuild 生成的 id）。传入 '../../../../home/<user>' 之类的 jobId 后 jobDir 可指向任意目录；因该目录通常无 result.json，jobStatus 走失败分支返回 jobDetail(jobDir)，其中 fs.readdirSync(jobDir) 会列出该目录全部条目名与字节大小，并读取该目录下名为 stderr.txt/result.json/progress.jsonl 的文件最多 800 字符。任何能调用 job 状态工具的调用方（如被提示注入的 agent）即可利用。实际可达性取决于未随包提供的 src/tools.js。

生物信息学GEM插件以参数数组方式调用Python（无shell），并按调用方路径写文件；唯一具体缺陷是jobs.js中未经校验的jobId被拼入文件系统路径。

口径：动态审计只会把风险往严重里判，不会把风险降下来（只升不降，不构成豁免）；模型判错时由人工复核撤回，撤回后回到静态判定。合并判定 = 两层中更严的那一个。

免责声明：静态扫描与动态安全审计都是自动化分析，不构成安全保证。安装前请自行审查。

活跃度

最近提交 2026-10-11 · 活跃度：活跃

• 仓库创建: 2026-08-31

• 星标: ★ 0 · 复刻: 0

• 健康度: 活跃 — 近 30 天有提交

来源

GitHub: github.com/moonbowterfly/dsh-bio-gem

插件说明